Kepulauan Karimunjawa memiliki kekayaan sumber daya alam yang dapat dikembangkan sebagai kawasan pariwisata. Keanekaragaman biodiversitas menjadi faktor utama dalam pengembangan kawasan pariwisata. Biodiversitas berbagai jenis terumbu karang, lamun, dan mangrove yang terdapat di Kepulauan Karimunjawa mengindikasikan bahwa Kepulauan Karimunjawa mampu memberikan nuansa baru dalam berwisata di pulau kecil. Indikator keberhasilan pembangunan di Kepulauan Karimunjawa dapat diketahui melalui rona lingkungan yang baik dan menarik, meliputi lingkungan biotik, abiotik, dan kultur.

Identifikasi terkait biodiversitas laut maupun darat di Kepulauan Karimunjawa menjadi hal utama yang harus dilakukan dalam pengelolaan kegiatan pariwisata. Daya tarik utama berada pada keberagaman ekosistem yang dimiliki oleh Kepulauan Karimunjawa. Berbagai jenis wisata yang berkembang ialah kegiatan wisata bahari dan wisata pantai. Wisata bahari meliputi kegiatan snorkeling dan menyelam untuk melihat berbagai biota bawah laut, seperti berbagai jenis terumbu karang dan ikan. Kegiatan wisata pantai meliputi rekreasi pantai dan berperahu untuk melihat keindahan pemandangan di pantai, seperti sunset di sore hari.

Pembangunan kegiatan ekowisata di Kepulauan Karimunjawa tidak terlepas dari berbagai permasalahan yang muncul, yaitu pemanfaatan sumber daya alam pesisir yang semakin tinggi sehingga menimbulkan degradasi lingkungan pesisir. Degradasi lingkungan terjadi karena pemanfaatan sumber daya yang melebihi daya dukungnya. Analisis daya dukung digunakan sebagai pembatas dalam pemanfaatan sumber daya agar tidak merusak lingkungan dan kelestariannya tetap terjaga.

Pengembangan berbagai objek wisata di Kepulauan Karimunjawa harus memperhatikan berbagai parameter fisik agar sesuai dengan kemampuan lahan dan tidak melampaui daya dukung lingkungannya. Konsep daya dukung, yaitu kemampuan suatu kawasan wisata untuk menerima jumlah maksimum pengunjung sehingga dalam pengembangan objek wisata tetap memperhatikan kelestarian lingkungan. Analisis daya dukung terhadap akomodasi dan kondisi pangan menjadi penting akibat tren pengunjung Kepulauan Karimunjawa yang semakin tinggi.