Dalam penyelenggaraan pembangunan kesehatan telah ditetapkan bahwa Sistem Kesehatan Nasional adalah pengelolaan kesehatan yang diselenggarakan oleh semua komponen bangsa Indonesia secara terpadu dan saling mendukung guna menjamin tercapainya derajat kesehatan masyarakat yang setinggi-tingginya.

Sampai dewasa ini telah terdapat perkembangan dalam pembangunan kesehatan dan pelaksanaan SKN, tetapi masih banyak tantangan yang perlu dihadapi untuk mencapai tujuan pembangunan kesehatan seperti yang diharapkan.

Tantangan Sistem Kesehatan Nasional terutama meliputi: 1) Mutu, pemerataan, dan keterjangkauan upaya kesehatan belum optimal; 2) Manajemen, informasi, dan regulasi kesehatan masih kurang kuat; 3) Pemerataan dan mutu sumber daya manusia kesehatan belum sepenuhnya menunjang penyelenggaraan pembangunan kesehatan; 4) Penggalian pembiayaan masih terbatas dan pengalokasian serta pembelanjaan pembiayaan kesehatan masih kurang memadai; dan 5) Pengembangan pembangunan kesehatan tampak masih kurang dilaksanakan dengan saksama.

Dengan memperhatikan tantangan dan penilaian pelaksanaan SKN sampai dewasa ini serta mengantisipasi perkembangannya di masa depan, penguatan SKN perlu meliputi langkah-langkah sebagai berikut.

1. Langkah-langkah menyeluruh: a. Meningkatkan pemahaman tentang pembangunan kesehatan dan SKN serta menguatkan SKN dan sinergi di antara subsistem SKN; serta b. Meningkatkan peran SKN sebagai acuan dalam penyusunan dan pelaksanaan pembangunan kesehatan yang dimulai dari kegiatan perencanaan sampai dengan kegiatan monitoring dan evaluasi.

2. Langkah-langkah spesifik:

1. Menguatkan Upaya Kesehatan Primer, Sekunder, dan Tersier: SKN dilaksanakan oleh Pemerintah,    Pemerintah Daerah, dan/atau masyarakat.
2. Menguatkan manajemen, informasi, dan regulasi kesehatan, termasuk sesuai kepentingannya menguatkan kedudukan SKN pada tingkat Undang-Undang.
3. Mengembangkan sumber daya manusia kesehatan: terdiri atas penguatan: 1) Regulasi, 2) Perencanaan, 3) Pengadaan, 4) Pendayagunaan, 5) Pembinaan dan pengawasan mutu SDM kesehatan, serta 6) Adanya dukungan sumber daya yang diperlukan.
4. Meningkatkan pembiayaan kesehatan. Penyelenggaraan subsistem pembiayaan kesehatan perlu ditingkatkan dan terdiri atas: 1) Penggalian dana, 2) Pengalokasian dana, dan 3) Pembelanjaan.
5. Mengembangkan pembangunan kesehatan untuk meningkatkan penelitian dan pengembangan pembangunan kesehatan yang berlandaskan pada pemikiran dasar pembangunan kesehatan, termasuk menguatkan paradigma sehat. Pengembangan pembangunan kesehatan meliputi penguatan proses, cara dan perbuatan meningkatkan akselerasi, pemerataan, dan mutu pembangunan kesehatan.

3. Pendekatan penguatan yang memperhatikan segi yuridisnya.

Dengan penguatan Sistem Kesehatan Nasional diharapkan dapat mendukung: 1) Pencapaian visi dan misi Presiden serta pelaksanaan Nawacita, khususnya Agenda No. 5, yaitu meningkatkan kualitas hidup manusia Indonesia; dan 2) Pencapaian sasaran pembangunan kesehatan dari RPJPN dan RPJPK tahun 2005–2025.

Dengan penguatan Sistem Kesehatan Nasional tersebut diperlukan pula untuk mendukung tercapainya sasaran pembangunan kesehatan pada tahun 2030, yaitu dalam kaitannya dengan pencapaian sasaran dari Sustainable Development Goals 3 tahun 2030 (United Nation, 2015; WHO, A69/15, 2016).